Từ năm 2010 khi trường Đại học Hùng Vương được phép chuyển đổi thành trường Đại học tư thục, mâu thuẫn nội bộ bắt đầu xuất hiện giữa những nhà đầu tư mới và tập thể sư phạm cũng như nhân viên, cán bộ quản lý của trường. Sau khi thanh tra vào tháng 8/2011 vì nhiều sai sót về tài chính, bổ nhiệm cán bộ, ông Đặng Thành Tâm bị tạm đình chỉ chức vụ chủ tịch hội đồng quản trị, ông Lê Văn Lý bị tạm đình chỉ chức vụ hiệu trưởng. Ngày 6-3-2012 Bộ GD-ĐT đã quyết định đình chỉ tuyển sinh năm 2012 đối với Trường Đại học Hùng Vương TP.HCM. Quyết định đình chỉ tuyển sinh kéo dài đến nay do trường chưa khắc phục được những nguyên nhân dẫn đến bị đình chỉ.[11] Hiện tại, hội đồng quản trị đã chấm dứt hợp đồng lao động với 82 cán bộ, giảng viên đồng thời thông báo điều này với 26 trường hợp còn lại.[12]

Ngày 18 tháng 10 năm 2016 Chủ tịch UBND TP.HCM đã công nhận ông tiếp tục là Chủ tịch Hội đồng quản trị trường Đại học Hùng Vương.